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perl/linux/测序分析

R直接调用剪切版的内容

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为了方便测试或者初步看看数据的图形展示,使用R时往往希望直接省去输入很长的文件路径,而直接从剪切版调用;方法整理如下: windows :   mf<-read.table(“clipboard”,sep=&# […]

Deep Learning学习资源

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1、Deep Learning相关书籍 1、Neural Networks and Deep Learning ,一本免费的在线书,极客学院有相应的中文翻译版,不是很全。 2、教程 1、 最为知名的一个教程是Stanford大学Andrew […]

R语言如何让坐标轴在原点交汇

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R画图来的图横轴和纵轴都是在图像下方和左边,怎样让横轴和纵轴在原点交汇。如图: 解: x = seq(-3, 3, 0.01) y1 = 2^x y2 = 2^(-x) par(mar=c(2,2,2,2),las=1) xlim<- […]

MAC 终端(命令行)剪切版的使用

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MAC 终端(命令行)剪切版的使用 window系统中有剪切板的概念,Ctrl + C 会把你选中的文本复制到剪切板,同样MAC也可以通过 cmd + C把你选中的文本复制到剪切板,但是如果你是在终端操作,你怎么把你的程序输出直接输出到剪切 […]

如何画motif图

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如何做类似于motif的碱基偏好图:如图   网页在线版:http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi 网页在线版(推荐): Seq2Logo(http://www.cbs.dtu.dk/biotool […]

read.table将第一列设为行名

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方法一: read.table()是从外部读入数据的函数。其中header=T表示将文件中第一行设为列名字。row.names= 1表示第一列设为行名。 方法二: rt<-read.table(file=”c:\\data […]

MEME使用说明

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最近在做一个细菌的转录组的课题,其中一个任务是寻找CRP依赖的基因和operon的promoter序列。网上搜了一些资料。Virtual Footprint可以实现一些功能。但是Virtual Footprint是利用大肠杆菌中motif的 […]

bash进行四则运算(整数及浮点)

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在刚刚学习写shell 批处理时候,进行逻辑运算中,少不了需要进行基础的:四则运算,这里说说在linux shell 里面简单的实现方法。   1.简单方法 [chengmo@centos5 ~]$ b=$((5*5+5-3/2) […]

使用R绘制几种常用的双坐标轴图形

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之前公众号推送了一系列关于使用ggplot2包绘制统计图形的文章,有网友询问是否可以绘制双轴的统计图形。很抱歉,Hradly在设计ggplot2包时就没有将双轴图形功能考虑进来。难道R语言就无法绘制双轴图形了吗?非也,R不仅是统计学家的标准 […]