2017-07-12admin阅读(45)评论(0)

蛋白组数据得到的ID的具体意思是什么？通过比较发现ID是来自于uniport的ID，具体如下： swissprot|primary acc#|entry name   sp代表 swissprot tr代表 trEMBL unip […]

2017-07-11admin阅读(43)评论(0)

在做蛋白质组和转录组分析的时候，难免需要将蛋白ID（uniport ID）或 基因ID（ensemble ID或者refseq ID或GI number等），uniport 提供了专门的ID转换工具：uniport ID mapping s […]

2017-07-05admin阅读(61)评论(0)

今天在用R绘制多组boxplot时碰到一个问题：如何自定义boxplot各组的输出次序？ 问题描述： ups<-read.delim(“e:\\test.txt”); ups.melt<-melt(ups […]

2017-07-03admin阅读(78)评论(0)

之前一个项目做的是水稻比较基因组学，花了很长一段时间才弄懂ortholog,paralog,out-paralog,in-paralog和co-ortholog的区别，近日有网友问起，发现自己确记不清了，所以记录下来，下面是我做的示意图： […]

2017-06-16admin阅读(188)评论(0)

虽然是很简单的散点图，但有很多参数设置的地方，这里记录下来的原因主要是以下几点： 对不同的点分配不同的颜色 添加图例，并指定为多列 添加文本标注 示例数据： PC1 PC2 NC8C1 -0.208049 0.2023135 NC8C2 - […]

2017-06-16admin阅读(112)评论(0)

红色 #FF0000 黄色 #FFFF00 暗青色 #008B8B 碧绿色 #7FFFD4 雪白色 #FFFAFA 蓝色 #0000FF 紫罗兰 #8A2BE2 褐色 #A52A2A 黑色 #000000 黄绿色 #7FFF00 粟色 #8 […]

2017-06-15admin阅读(145)评论(0)

对于二代数据的表达差异分析，理论上应该用reads counts进行计算。这个在我们论坛的专题帖已经有解释： 第14期“基因表达量计算和差异表达分析（下）”【视频】 www.omicshare.com/forum/thread-236-1- […]

2017-06-15admin阅读(135)评论(0)

相关性表示两组数据之间的关系是否“相似”或“相近”；但当遇到多组数据时，如何直观的比较各组数据之间的相关性是一个大家比较关注的问题，相关图可以通过对相关系数矩阵的可视化来解决这一问题。这里列出2种方法： 数据以R语言内置的mtcars数据框 […]

2017-06-15admin阅读(93)评论(0)

 在绘热图时，需要将数值映射到不同的颜色上，这时就需要一系列的颜色梯度 colorRampPalette 函数支持自定义的创建一系列的颜色梯度 代码示例： > colors <- colorRampPalette(c("blue […]

2017-06-15admin阅读(82)评论(0)

Error: could not find function “opts” > library(ggplot2) > facebookData <- read.delim("FacebookNarc […]