2017-09-21admin阅读(74)评论(0)

http://www.geneontology.org/ 我将从下面几个测度介绍一下Go： 1.GO怎么就出现了？ 现今的生物学家们浪费了太多的时间和精力在搜寻生物信息上。这种情况归结为生物学上定义混乱的原因：不光是精确的计算机难以搜寻到这 […]

2017-09-21admin阅读(63)评论(0)

首先要明白，需要下载什么？ 要下载四万多条GO记录的详细信息（http://purl.obolibrary.org/obo/go/go-basic.obo） 要下载GO与GO之间的关系（http://archive.geneontology […]

2017-09-21admin阅读(76)评论(0)

GO聚类的网站：http://www.geneontology.org Ten Quick Tips for Using the Gene Ontology The Gene Ontology (GO) provides core biol […]

2017-08-31admin阅读(130)评论(0)

看文献的时候，总把内皮细胞(Endothelial Cells)与上皮细胞(epithelial Cells)混淆，今天找了一篇外文的文章，总结的比较好，就翻译了一下，又补充了一些Wiki的内容。 内皮细胞(endothelial cell […]

2017-07-27admin阅读(233)评论(0)

画一个柱状图，每个柱的颜色是类似于heatmap图一样的连续的颜色 数据： activation of cells 46 3.512 activation of macrophages 16 2.519 activation of phag […]

2017-07-12admin阅读(236)评论(0)

蛋白组数据得到的ID的具体意思是什么？通过比较发现ID是来自于uniport的ID，具体如下： swissprot|primary acc#|entry name   sp代表 swissprot tr代表 trEMBL unip […]

2017-07-11admin阅读(243)评论(0)

在做蛋白质组和转录组分析的时候，难免需要将蛋白ID（uniport ID）或 基因ID（ensemble ID或者refseq ID或GI number等），uniport 提供了专门的ID转换工具：uniport ID mapping s […]

2017-07-05admin阅读(243)评论(0)

今天在用R绘制多组boxplot时碰到一个问题：如何自定义boxplot各组的输出次序？ 问题描述： ups<-read.delim(“e:\\test.txt”); ups.melt<-melt(ups […]

2017-07-03admin阅读(237)评论(0)

之前一个项目做的是水稻比较基因组学，花了很长一段时间才弄懂ortholog,paralog,out-paralog,in-paralog和co-ortholog的区别，近日有网友问起，发现自己确记不清了，所以记录下来，下面是我做的示意图： […]

2017-06-16admin阅读(398)评论(0)

虽然是很简单的散点图，但有很多参数设置的地方，这里记录下来的原因主要是以下几点： 对不同的点分配不同的颜色 添加图例，并指定为多列 添加文本标注 示例数据： PC1 PC2 NC8C1 -0.208049 0.2023135 NC8C2 - […]