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perl/linux/测序分析

R画分组箱形图

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http://blog.sina.com.cn/s/blog_4a0824490102w4i0.html http://blog.sina.com.cn/s/blog_4a0824490102wejs.html http://stackov […]

read.table将第一列设为行名

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方法一: read.table()是从外部读入数据的函数。其中header=T表示将文件中第一行设为列名字。row.names= 1表示第一列设为行名。 方法二: rt<-read.table(file=”c:\\data […]

MEME使用说明

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最近在做一个细菌的转录组的课题,其中一个任务是寻找CRP依赖的基因和operon的promoter序列。网上搜了一些资料。Virtual Footprint可以实现一些功能。但是Virtual Footprint是利用大肠杆菌中motif的 […]

bash进行四则运算(整数及浮点)

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在刚刚学习写shell 批处理时候,进行逻辑运算中,少不了需要进行基础的:四则运算,这里说说在linux shell 里面简单的实现方法。   1.简单方法 [chengmo@centos5 ~]$ b=$((5*5+5-3/2) […]

使用R绘制几种常用的双坐标轴图形

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之前公众号推送了一系列关于使用ggplot2包绘制统计图形的文章,有网友询问是否可以绘制双轴的统计图形。很抱歉,Hradly在设计ggplot2包时就没有将双轴图形功能考虑进来。难道R语言就无法绘制双轴图形了吗?非也,R不仅是统计学家的标准 […]

R语言坐标轴标签倾斜

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R 语言画图函数本身没有提供坐标轴标签倾斜的函数,所以想要使坐标轴倾斜有两种方法: 1: 用原生R 只能自己屏蔽默认坐标轴,重绘一个自满足自己要求的坐标轴(以后整理),见方法: http://www.ats.ucla.edu/stat/r/ […]

blast+ 使用方法

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BLAST+与BLAST比较 BLAST已经成为序列比对软件代名词,且其词性也已经开始变化,诸如BLASTing之类的词汇在各种论文中已是屡见不鲜,可见其影响之深,使用之广,如同分子生物学领域中的PCR。 自从1997年释出现有的BLAST […]

permeabilized

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permeabilized cell 透性化细胞 一本书上说是‘渗透化’,用parafolmydehylde固定之后必须的一个步骤,否则一抗不能进入。 我的理解:permeabilized 透性化处理,使膜通透性增强,便于抗体染色,下面这个 […]

什么是multiplicity of infection (MOI)

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multiplicity of infection(MOI)中文译为多重感染或者感染复数。传统的MOI概念起源于噬菌体感染细菌的研究。MOI其含义是感染时噬菌体与细菌的数量比值,也就是平均每个细菌感染噬菌体的数量。噬菌体的数量单位为pfu。 […]