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perl/linux/测序分析

Gene Ontology (GO) 简介

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http://www.geneontology.org/ 我将从下面几个测度介绍一下Go: 1.GO怎么就出现了? 现今的生物学家们浪费了太多的时间和精力在搜寻生物信息上。这种情况归结为生物学上定义混乱的原因:不光是精确的计算机难以搜寻到这 […]

GO数据库下载

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首先要明白,需要下载什么? 要下载四万多条GO记录的详细信息(http://purl.obolibrary.org/obo/go/go-basic.obo) 要下载GO与GO之间的关系(http://archive.geneontology […]

柱状图连续颜色填充

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画一个柱状图,每个柱的颜色是类似于heatmap图一样的连续的颜色 数据: activation of cells 46 3.512 activation of macrophages 16 2.519 activation of phag […]

蛋白质组数据ID解析

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蛋白组数据得到的ID的具体意思是什么?通过比较发现ID是来自于uniport的ID,具体如下: swissprot|primary acc#|entry name   sp代表 swissprot tr代表 trEMBL unip […]

将uniport ID转换将 ensemble ID

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在做蛋白质组和转录组分析的时候,难免需要将蛋白ID(uniport ID)或 基因ID(ensemble ID或者refseq ID或GI number等),uniport 提供了专门的ID转换工具:uniport ID mapping s […]

ggplot x轴排序

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今天在用R绘制多组boxplot时碰到一个问题:如何自定义boxplot各组的输出次序? 问题描述: ups<-read.delim(“e:\\test.txt”); ups.melt<-melt(ups […]

R plot 画指定颜色的散点图

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虽然是很简单的散点图,但有很多参数设置的地方,这里记录下来的原因主要是以下几点: 对不同的点分配不同的颜色 添加图例,并指定为多列 添加文本标注 示例数据: PC1 PC2 NC8C1 -0.208049 0.2023135 NC8C2 - […]