admin的文章

2017-07-12admin阅读(45)评论(0)

蛋白组数据得到的ID的具体意思是什么？通过比较发现ID是来自于uniport的ID，具体如下： swissprot|primary acc#|entry name   sp代表 swissprot tr代表 trEMBL unip […]

2017-07-11admin阅读(43)评论(0)

在做蛋白质组和转录组分析的时候，难免需要将蛋白ID（uniport ID）或 基因ID（ensemble ID或者refseq ID或GI number等），uniport 提供了专门的ID转换工具：uniport ID mapping s […]

2017-07-10admin阅读(36)评论(0)

T细胞通过直接分泌可溶性细胞因子或通过细胞接触依赖机制在免疫应答和功能中起重要作用。许多T细胞亚群的特征已被明确。尽管效应T细胞最初被认为是终末分化的，但越来越多的证据已经挑战了这一观点，并且表明效应T细胞的表型不是完全固定的，而是更灵活或 […]

2017-07-05admin阅读(61)评论(0)

今天在用R绘制多组boxplot时碰到一个问题：如何自定义boxplot各组的输出次序？ 问题描述： ups<-read.delim(“e:\\test.txt”); ups.melt<-melt(ups […]

2017-07-03admin阅读(78)评论(0)

之前一个项目做的是水稻比较基因组学，花了很长一段时间才弄懂ortholog,paralog,out-paralog,in-paralog和co-ortholog的区别，近日有网友问起，发现自己确记不清了，所以记录下来，下面是我做的示意图： […]

2017-06-16admin阅读(188)评论(0)

虽然是很简单的散点图，但有很多参数设置的地方，这里记录下来的原因主要是以下几点： 对不同的点分配不同的颜色 添加图例，并指定为多列 添加文本标注 示例数据： PC1 PC2 NC8C1 -0.208049 0.2023135 NC8C2 - […]

2017-06-16admin阅读(112)评论(0)

红色 #FF0000 黄色 #FFFF00 暗青色 #008B8B 碧绿色 #7FFFD4 雪白色 #FFFAFA 蓝色 #0000FF 紫罗兰 #8A2BE2 褐色 #A52A2A 黑色 #000000 黄绿色 #7FFF00 粟色 #8 […]

2017-06-15admin阅读(145)评论(0)

对于二代数据的表达差异分析，理论上应该用reads counts进行计算。这个在我们论坛的专题帖已经有解释： 第14期“基因表达量计算和差异表达分析（下）”【视频】 www.omicshare.com/forum/thread-236-1- […]

2017-06-15admin阅读(135)评论(0)

相关性表示两组数据之间的关系是否“相似”或“相近”；但当遇到多组数据时，如何直观的比较各组数据之间的相关性是一个大家比较关注的问题，相关图可以通过对相关系数矩阵的可视化来解决这一问题。这里列出2种方法： 数据以R语言内置的mtcars数据框 […]

2017-06-15admin阅读(93)评论(0)

 在绘热图时，需要将数值映射到不同的颜色上，这时就需要一系列的颜色梯度 colorRampPalette 函数支持自定义的创建一系列的颜色梯度 代码示例： > colors <- colorRampPalette(c("blue […]