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perl/linux/测序分析

安装R包CytoTRACE

  1. 前往官网下载R包源文件:https://cytotrace.stanford.edu 【Download CytoTRACE v0.3.3
  2. 直接安装: devtools::install_local(“../../../../../CytoTRACE_0.3.3.tar.gz”)
  3. 遇到报错缺什么依赖包,直接先安装依赖包,然后再运行步骤2
  4. 安装依赖包“HiClimR”包时经常报错如下:
    RROR: configuration failed for package ‘ncdf4’
    * removing ‘/share/workdir/yangl/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/ncdf4’
    ERROR: dependency ‘ncdf4’ is not available for package ‘HiClimR’
    * removing ‘/share/workdir/yangl/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/HiClimR’

    原因是系统中没有安装安装netcdf库文件包,centos中安装:yum install netcdf-devel (注意此处 netcdf前缀的包有很多,需要安装netcdf-devel,其他的无效,其他系统自行搜索对应的包)即可解决

    参考:
    https://www.modb.pro/db/475170

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