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perl/linux/测序分析

pheatmap聚类报错

报错如下:

> pheatmap(log2(TPM_AVGexpr+1),scale = 'row',cluster_cols = F)
Error in hclust(d, method = method) : 
  外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg10)

原因:不能有全部是0的行,全0的行scale后会变成NaN,导致如下问题:

pheatmap前也可以用以下命令检查下,避免因为Na和0导致画图报错(上面的错误此检查不能避免):

is.na(TPM_AVGexpr) %>% table()
is.infinite(TPM_AVGexpr) %>% table()

https://www.biostars.org/p/446761/

https://www.jianshu.com/p/7a53c3adff51

https://blog.csdn.net/qq_43210428/article/details/115663054

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