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什么是ortholog,paralog,out-paralog,in-paralog和co-ortholog

之前一个项目做的是水稻比较基因组学,花了很长一段时间才弄懂ortholog,paralog,out-paralog,in-paralog和co-ortholog的区别,近日有网友问起,发现自己确记不清了,所以记录下来,下面是我做的示意图:

whatisortholog

  • Ortholog: Orthologs are genes in different species that originate from a single gene in the last common ancestor of these species. [ B1    B2 ]
  • Paralog: Paralogs are genes arose from a duplication event before the speciation. .[ E2    E3 ]
  • Out-paralogs: Paralogs that predate the species split. .[ (B1,C1)        (D2,E2,E3) ]
  • In-paralog : Paralogs that arose after the species split.[ E2     E3]
  • co-ortholog: [D2   (E2,E3)]

 

Zmasek, C. M. and S. R. Eddy (2001). “A simple algorithm to infer gene duplication and speciation events on a gene tree.” Bioinformatics 17(9): 821-828.

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评论 4

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  1. #0

    Ortholog 是 B1 D2吧

    科研出租车乘客2年前 (2019-03-05)回复
    • 杨李

      严格来说不是,因为ortholog是指来源于同一个基因经历最后一次共同物种生成时间产生的2个或多个基因间的关系,图中你注意下红色五角星是物种生成事件,蓝色五角星是基因复制事件

      杨李2年前 (2019-03-12)回复
  2. #0

    Ortholog是B1和C1吧

    逆时针2年前 (2019-07-09)回复
    • 杨李

      是的,没有B2,写错了

      杨李2年前 (2019-07-12)回复