R plot 画指定颜色的散点图

虽然是很简单的散点图，但有很多参数设置的地方，这里记录下来的原因主要是以下几点：

1. 对不同的点分配不同的颜色
2. 添加图例，并指定为多列
3. 添加文本标注

示例数据：

开始画图：

mfff<-read.table(“shi_li_file”,sep=”\t”,header=T,row.names=1)
mycol<-c(“#FF0000″,”#FFFF00″,”#008B8B”,”#7FFFD4″,”#FFFAFA”,”#0000FF”,”#8A2BE2″,”#A52A2A”,”#000000″,”#7FFF00″,”#80000040″,”#FF7F50″,”#6495ED”,”#DC143C”,”#00FFFF”,”#B8860B”,”#A9A9A9″,”#006400″,”#FFDAB9″,”#8B008B”,”#FF00FF”,”#483D8B”,”#2F4F4F”,”#D2B48C”)  #定义一个颜色向量下一步用来给每个点着色（这里我给每个点都赋不同颜色，所以用了24种颜色）
plot(mfff,main= ‘Test plot’,xlab= “PC1”,ylab= “PC2”,type= ‘p’,col=mycol,cex=2,lwd=2)  ＃画点图

    col=mycol #用定义的颜色向量mycol给每个点着色,向量元素个数需等于点的个数
    cex=2  ＃点符号（图形）的大小设为默认大小的2倍
    lwd=2   ＃点符号（图形）的宽度设为默认大小的2倍

legend(“topright”,title=”Sample”,legend = rownames(mfff),pch=1,col = mycol,cex=0.5,ncol=2)  #添加图例

 “topright”  ＃图例位置添加在右上角，另外注意可以通过参数设置xpd=TRUE在图形外增加图例。此时需在这个位置指定x,y轴坐标。
    legend = rownames(mfff) ＃legend的文本标签
    pch=1 ＃设置图例的符号的格式，1 表示空心圆圈
    col = mycol ＃图形着色
    cex=0.5   ＃legend的文本标签字体大小为默认的0.5倍
    ncol=2    ＃图例标签分2列展示
text(x= mfff[,1], y= mfff[,2], labels= rownames(mfff), cex= 0.3) #添加文本标注

    x= mfff[,1], y= mfff[,2]   ＃文本标注的位置
    labels= rownames(mfff) ＃文本标注的文本
    cex= 0.3   ＃文本标注的大小为默认字体的0.3倍

参考：
http://www.xueqing.tv/cms/article/117       ＃添加图例 xpd=TRUE在图形外增加图例
http://blog.csdn.net/myl1992/article/details/45826931   ＃多列图例 ncol=2，表示4组图例排列为2列

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