初品BioPerl（第六篇：对象的类型）

时常听到有人说，XXX语言是面向过程的，而XXX语言是面向对象的……我认为这种说法不是很妥当，面向过程和面向对象只是一种编程的思路而已，和具体的编程语言无关。Perl应该算是一种面向过程的语言（它可以写得很像C的风格，虽然我不大喜欢），但如果你大量调用了BioPerl的模块，它就是一种不折不扣的面向对象的思路。
因为我们是在调用别人编写的（标准的）BioPerl模块，所以里面使用到的各种对象的结构都是别人已经定义好的，我们无须了解内部的细节。但是了解一下这个对象的类型却是很有必要的，因为它关系到你能够调用这个对象的哪些属性和方法。比如，一写出 \$seq_obj，可以想到它能调用 ->seq这样的方法；而一写出 $seqio_obj，可以想到它能调用 ->next_seq 这样的方法。如何查看一个对象的类型呢？很简单，用ref函数。
下面可以来复习下之前提过的各种对象。
（1）构建一条fasta序列：

$seq_obj = Bio::Seq->new( -display_name => "gi|147605|gb|J01673.1|ECORHO",
-desc => "E.coli rho gene coding for transcription termination factor",
-seq => "AACCCTAGCACTGCGCCGAAATATGGCATCCGTGGTATCCCGACTCTGCTGCTGTTCAAAAACGGTGAAG"
);

我们只需写这么一条语句：

print ref($seq_obj),"\n";

就可以查出 $seq_obj 这个对象究竟是什么“类型”的对象，结果是  Bio::Seq 类型的对象
（2）从文件中获取fasta序列：

$catchseq = Bio::SeqIO->new(-file=>'ecorho.fasta', -format=>'fasta');
$seq_obj = $catchseq->next_seq;

查一下类型，发现 $catch_seq 是 Bio::SeqIO::fasta 类型， 而调用它的next_seq方法得到的 $seq_obj 则是 Bio::Seq 类型，正好与（1）中提到的  \$seq_obj 一样，所以（1）中提到的 $seq_obj 能调用什么方法，它这里就能调用什么方法！
（3）从文件中获取genbank序列：

$catchseq = Bio::SeqIO->new(-file=>'ecorho.gbk', -format=>'genbank');
$seq_obj = $catchseq->next_seq;

查一下类型，发现 $catch_seq 是 Bio::SeqIO::genbank 类型，其实应该不用说大家也猜出来了。
但是，查一下 $seq_obj，我们猜也应该是 Bio::Seq 类型。错了！其实是 Bio::Seq::RichSeq 类型。为什么呢？很简单，因为GenBank格式拥有比fasta格式更丰富的信息，所以叫做 RichSeq 呗！它不仅拥有 Bio::Seq 对象所拥有的全部方法（比如，->display_id, ->seq, ->desc），还有其它的方法，用来获取其它额外的序列信息。（其实我们更加关系这些信息才对，只不过具体操作步骤要以后再说了，因为真的很复杂哎！）
（4）从远程数据库中下载序列：

$db_obj = Bio::DB::GenBank -> new;
$seq_obj = $db_obj -> get_Seq_by_acc('J01673');  
$filename = $seq_obj -> accession;
$output_seq = Bio::SeqIO -> new(-file => ">$filename.gbk", -format =>'genbank');
$output_seq -> write_seq($seq_obj); 

查一下类型，发现 \$db_obj 是 Bio::DB::GenBank 类型，而 $seq_obj 是 Bio::Seq::RichSeq 类型。这是理所当然的，因为 \$seq_obj 里面放的是GenBnak序列。
现在我们就可以认为，表面上看起来都是写成 $seq_obj，其实里面的含义大有不同哦！

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