Perl的模块有两类,一类是内置在Perl中的,比如小驼书中提到的CGI,File::Basename等,所以你无须另外下载安装这些模块即可使用它们;另一类则是与Perl相分离的,所以你要下载并安装才可以使用它们。很不幸,BioPerl属于后者。而且,安装过程对某些人某些电脑来说不是很容易。
首先,如果你恰巧跟上了因Ubuntu10.04的发行带来的Linux崇拜潮流,已经成功抛弃了Windows Xp转向Ubuntu的话,那么恭喜你,安装BioPerl和安装gimp之类的应用软件一样简单!😛 打开新立德软件包管理器,输入BioPerl搜索,出现的第一项就是(目前的版本是1.6.1),然后右键点击选择“安装”,系统就会自动把所有依赖的软件包全部安装上。怎么样,是不是很方便呢?而且将来某一天若BioPerl有了更新,可以很方便地使用新立德来升级。

当然,如果大家都这么方便的话,我就不用写这篇文章啦!对于使用其他Linux和Unix系统的人来说可能未必有这种软件包管理器(即使有,在软件源里也未必有BioPerl的安装文件)。但是所有的类Unix系统应该都支持“源代码编译安装”的方式(这是不少Linux高手自认为很酷的装软件方法,哪怕现在还有好多人在用。新手最好不要用,很容易出现问题)。
对于这些类Unix系统的用户来说,安装BioPerl和安装一些普通的软件方法是一样的,步骤是:
(1)下载BioPerl的源代码,并解压。我提供两个网址:
http://bioperl.org/DIST/BioPerl-1.6.1.tar.gz
http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.6.1.tar.gz
(2)进入该目录,然后执行下列命令:
$ perl Build.PL $ ./Build test # ./Build install
注意:执行./Build install时必须要有系统管理员权限。