2016-12-16杨李阅读(1639)评论(0)

1. Trinity进行转录组组装 Trinity进行转录组组装的典型命令如下: $ /opt/biosoft/trinityrnaseq_r20131110/Trinity.pl --seqType fq --JM 50G\ --left […]

2016-12-10杨李阅读(1099)评论(0)

permeabilized cell 透性化细胞 一本书上说是‘渗透化’，用parafolmydehylde固定之后必须的一个步骤，否则一抗不能进入。 我的理解：permeabilized 透性化处理，使膜通透性增强，便于抗体染色，下面这个 […]

2016-12-10杨李阅读(1414)评论(0)

multiplicity of infection（MOI）中文译为多重感染或者感染复数。传统的MOI概念起源于噬菌体感染细菌的研究。MOI其含义是感染时噬菌体与细菌的数量比值，也就是平均每个细菌感染噬菌体的数量。噬菌体的数量单位为pfu。 […]

2016-12-03杨李阅读(951)评论(2)

时常听到有人说，XXX语言是面向过程的，而XXX语言是面向对象的……我认为这种说法不是很妥当，面向过程和面向对象只是一种编程的思路而已，和具体的编程语言无关。Perl应该算是一种面向过程的语言（它可以写得很像C的风格，虽然我不大喜欢），但如 […]

2016-12-03杨李阅读(1183)评论(0)

有的时候，从远程数据库里下载得到的基因序列、蛋白质序列是诸如Genbank、EMBL或SwissProt之类的复杂格式，而如果要对这些序列进行blast或clustalw之类的比对，就必须把它们转换成fasta格式的序列才行。 序列转换，是 […]

2016-12-03杨李阅读(1120)评论(0)

这一篇哪，其实主要是复习性质的。你可以松口气，边欣赏、边回味用世界上最美的程序语言（Perl）是如何解析复杂的、神秘的生物大分子序列的。 BioPerl比普通的Perl更简单吗？ 如果你只是解析简单的fasta序列的话，BioPerl未必很 […]

2016-12-03杨李阅读(1102)评论(0)

上一篇讲的是怎样自己“编造”一条fasta序列，说实话确实没什么实际上的用处，充其量也就是了解fasta序列的构造以及Bio::Seq对象能使用的属性、方法等（注意啦：如果你对这些内容还不是很清楚，请先不要往下看，先回去把上一篇看明白哦！） […]

2016-12-03杨李阅读(953)评论(0)

接下来我们就来讨论BioPerl的用法。根据一句经典名言，Perl的用途“90%与文本处理有关，10%与其它事务有关”（改编自小驼书），Perl语言的强项就在于文本处理（当然主要是纯文本，和许多Unix工具如grep, awk, sed等工 […]

2016-12-03杨李阅读(872)评论(0)

Perl的模块有两类，一类是内置在Perl中的，比如小驼书中提到的CGI，File::Basename等，所以你无须另外下载安装这些模块即可使用它们；另一类则是与Perl相分离的，所以你要下载并安装才可以使用它们。很不幸，BioPerl属于 […]

2016-12-03杨李阅读(875)评论(0)

或许在接触BioPerl之前你可能已听说过这个词，但却不明白它是做什么用的。其实，它的用途很简单：让我们的Perl程序读起来更生动一点儿，好听一点儿，易懂一点儿。没错，哪怕你不用BioPerl，同样可以完成相同的任务！而且可能执行的速度更快 […]