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perl/linux/测序分析

cuffdiff 输出文件中的inf和nan的意思

cuffdiff 输出文件(gene_exp.diff)中有的log2(FPKMy/FPKMx)值为inf或者-inf,有的test stat值为nan或-nan,他们的意思其实是来源于C语言。其中:

INF表示“无穷大”,是infinite的缩写。
NAN表示“无效数字”,是Not a number的缩写。

下面是C语言中INF和NAN的介绍

inf :infinity (linux) 等同于 #INF:infinity  (windows)
nan :not a number 等同于  #IND:indeterminate (windows)

注意:

1、inf一般是因为得到的数值,超出浮点数的表示范围(溢出,即阶码部分超过其能表示的最大值);而nan一般是因为对浮点数进行了未定义的操作,如对-1开方。

2、nan==nan
结果是0或false,即不能和nan进行比较,和nan进行比较得到的结果总是false或0。所以可以用函数: int
isNumber(double d){return (d==d);}来判断d是否为nan,若d是nan则返回0,否则返回非零值。

3、1.0/0.0等于inf,-1.0/0.0等于-inf,0.0+inf=inf;

4、对负数开方sqrt(-1.0)、对负数求对数(log(-1.0))、0.0/0.0、0.0*inf、inf/inf、inf-inf这些操作都会得到nan。(0/0会产生操作异常;0.0/0.0不会产生操作异常,而是会得到nan)

5、得到inf时就查看是否有溢出或者除以0,得到nan时就查看是否有非法操作。

6、C语言的头文件<float.h>中,有定义的常量DBL_MAX,这个常量表示“能表示出来的最大的双精度浮点型数值”。<float.h>中还有常量DBL_MIN,DBL_MIN表示可以用规格化表示的最小的正浮点数,但DBL_MIN并不是最小的正浮点数,因为可以用可以用非规格化浮点数表示的更小。可以用函数:int isFiniteNumber(double d){return (d<=DBL_MAX&&d>=-DBL_MAX);}来判断d是否为一个finite数(既不是inf,又不是nan(加入d为nan,则d参加比较就会得到false(0)值))。

7、1.0/inf等于0.0。

8、inf是可以与其他浮点数进行比较的,即可以参与<=、>+、==、!=等运算。
下面这几个宏(用宏实现的,使用时跟函数的形式基本相同)是判断一个表达式的结果是否为inf、nan或其他:

头文件:include<math.h>

宏的用法(类似于函数原型):int fpclassify(x);

int
isfinite(x);

int
isnormal(x);

int isnan(x);

int isinf(x);

具体用法:

1、int
fpclassify(x)
用来查看浮点数x的情况,fpclassify可以用任何浮点数表达式作为参数,fpclassify的返回值有以下几种情况。

FP_NAN:x是一个“not a number”。

FP_INFINITE: x是正、负无穷。

FP_ZERO: x是0。

FP_SUBNORMAL: x太小,以至于不能用浮点数的规格化形式表示。

FP_NORMAL: x是一个正常的浮点数(不是以上结果中的任何一种)。

2、int
isfinite(x)
当(fpclassify(x)!=FP_NAN&&fpclassify(x)!=FP_INFINITE)时,此宏得到一个非零值。

3、int
isnormal(x) 当(fpclassify(x)==FP_NORMAL)时,此宏得到一个非零值。

4、int
isnan(x) 当(fpclassify(x)==FP_NAN)时,此宏返回一个非零值。

5、int
isinf(x) 当x是正无穷是返回1,当x是负无穷时返回-1。(有些较早的编译器版本中,无论是正无穷还是负无穷,都返回非零值,不区分正负无穷)。

 

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