Tophat允许压缩文件作为输入

TopHat 1.3.0 release 6/2/2011 版本及之后版本能够使用.gz(gzip压缩过的文件)或者.bz2(bzip2压缩过的文件)作为输入文件，软件会自动在运行时解压文件,解压方式取决于你的文件名后缀。

TopHat can take gzip or bzip2 compressed FASTQ or FASTA files as input, decompressing them on the fly (the decompression program is determined based on the file name suffix)

引自官方更新说明文档：https://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml

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