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perl/linux/测序分析

关于安装使用SOAPaligner的一些注意事项

SOAPaligner:http://soap.genomics.org.cn/soapaligner.html

1 安装SOAP时注意Linux是32位还是64位,官网提供的大部分SOAP是安装在64位的Linux,可输入

uname -a

检查Linux。

2 运行 ./soap 时如果报错:length y <0 skip anyway ,原因是reads太短了,SOAP2.20只支持多于30bp的reads,经测试,SOAP2.21也只能支持到27bp。如果要做small RNA mapping的话,可以用Blast试试。

补充:选来选去还是bowtie最好用

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