blast本地化：数据库的下载及格式化formatdb

 nr库在这个链接中下载：  ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/

nr有两种选择：（nr是非冗余蛋白库，nt是非冗余核酸库）

一种直接下载上面这个文件夹中的nr.00.tar.gz、nr.01tar.gz以及nr.02.tar.gz，然后把它们三个解压到同一个文件夹中，就可以直接使用，而不用修饰。

另一种方法是下载FASTA文件夹中的nr，但是需要修饰，修饰方法就是利用blast的bin中的formatdb进行：

formatdb -i input_db -p F -o T    （核酸的，不使用这句）

formatdb -i input_db -p T -o T    （蛋白质的，就使用这句）

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使用nr库时的路径为：文件夹路径和文件夹名\nr

注意这里的nr不是文件夹的名字，而是文件名，

文件夹路径和文件夹名为：nr.00.tar.gz、nr.01tar.gz以及nr.02.tar.gz三个解压后存放的文件夹

或FASTA格式nr修饰后所在的文件夹。

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格式化序列数据库— —formatdb 简单介绍

formatdb处理的都是格式为 ASN.1和 FASTA，而且不论是核苷酸序列数据库，还是蛋白质序列数据库；不论是使用Blastall ，还是Blastpgp，Mega Blast应用程序，这一步都是不可少的。

formatdb –    得到formatdb 所有的参数显示和介绍，它可以根据我们的想法把源数据库格式化

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formatdb命令行主要参数的说明

-i  输入需要格式化的源数据库名称  Optional

-p  文件类型，是核苷酸序列数据库，还是蛋白质序列数据库

T – protein   F – nucleotide [T/F]  Optional         default = T

-a  输入数据库的格式是ASN.1（否 则是FASTA）   T – True,     F – False.    [T/F]  Optional      default = F

-o  解析选项

T – True: 解析序列标识并且建立目录         F – False: 与上相反        [T/F]  Optional default = F

命令示例

formatdb -i nr -p F -o T

运行此命令就会在当前目录下产生用于BLAST搜索的7个文件，一旦如上的formatdb命令执行完毕，就不 再需要nr，可以移除。此时，blastall可以直接使用。

这是blast的用法，blast+请输入对应的命令