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perl/linux/测序分析

blast报错解析

1. 运行blastall时报下列警告并且不出现结果

[blastall] WARNING:  [000.000]  seq1: Unable to open BLOSUM62
[blastall] WARNING:  [000.000]  seq1: BlastScoreBlkMatFill returned non-zero status
[blastall] WARNING:  [000.000]  seq1: SetUpBlastSearch failed.

出现这个的原因是没有倒入blastall运行时所需要的库和data文件(我觉得主要是data文件吗,因为里面含有BLOSUM62矩阵文件)

解决办法:

在home目录下新建一个.ncbirc文件,并写入如下几行:

[NCBI]
data=/home/user/blast/data

[BLAST]
BLASTDB=/home/user/blast/db    
BLASTMAT=/home/user/blast/data

以我所装的blast.2.2.26为例(我这里把blast安装在/share/workdir/yangl/bin目录下面),所以在home目录下新建一个.ncbirc文件,写入了如下几行:

[NCBI]
data=/share/workdir/yangl/bin/data

[BLAST]
BLASTDB=/share/workdir/yangl/bin/db   #(我觉得这一行可以不要,因为2.2.26这个目录下根本没有db这个文件夹,但我这里为保险起见还是加了这一句)
BLASTMAT=/share/workdir/yangl/bin/data

最后,运行blastall, 完美!

 

解决方法来源于:http://osdir.com/ml/science.biology.informatics.bulletin/2006-02/msg00061.html

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评论 1

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  1. #0

    rimonabant

    Dugesenuk5m5年前 (2016-03-18)回复