基因复制和物种形成时间预测

基因复制和物种形成事件的预测采用Forster软件包的GSDI程序，直接运行GSDI_run.sh即可进行批量预测，GSDI.run.sh包含以下程序，功能如下：

Demo地址: http://pan.baidu.com/s/1c011YgC 密码: xjrj

GSDI.run.sh:

1. remove_anc_name.pl 把非也节点的ID修改为以每个非叶节点的所有（递归）子节点id以下滑线升序串联得到的字符串（－out2），并强制转换为二叉树（－out）；
2. id_index_gsdi.pl 把子节点的ID换成geneAccession_code［OS05T0550700-00_ORYSA
   ］的格式（原ID为数字）；
3. GetTable.pl 得到用来生产phyloxml格式的信息文件。即forster软件包decorator程序所需要的文件；
4. org.forester.application.decorator 将newick格式的树文件结合GetTable.pl生成的信息文件生成pyloxml格式的树文件；
5. org.forester.application.gsdi  进行事件预测；
6. write_gsdi_newick.pl 将预测得到的事件结果重新写回newick格式树文件，便于整合Ka／Ks的信息一并呈现在网页中。

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